Ustanoviteljica in materialna pokroviteljica Škofjeloškega pasijona je bila v preteklosti bratovščina presvetega Rešnjega telesa. Na neposredno pobudo bratovščine so v Škofji Loki kapucini prevzeli nalogo in redno prirejali pasijonsko procesijo na veliki petek. Prevzeli so celotno organizacijo ter poskrbeli, da je procesija potekala primerno in dostojno.

Na podlagi dogovora med naslednikom pravic Kapucinskim samostanom Škofja Loka in Občino Škofja Loka, je produkcijsko vlogo nekdanje bratovščine presvetega Rešnjega telesa prevzela Občina Škofja Loka.

Kapucinski samostan Škofja Loka danes skrbi za varovanje duhovne vsebine Škofjeloškega pasijona. Bratje kapucini Slovenske kapucinske province pa izberejo duhovnega vodjo Škofjeloškega pasijona.

Občina Škofja Loka kot producent Škofjeloškega pasijona poleg zagotavljanja formalnopravnega in finančnega okvirja, poskrbi za izbor vodje projekta ter ustanovitev strokovnega odbora, ki izbere režiserja in spremlja priprave na uprizoritve. Skrbi tudi za koordinacijo med številnimi društvi in drugimi civilnimi združenji, ki sodelujejo pri njem ter za vpetost Škofjeloškega pasijona v evropski prostor.

Leta 2007 je Občina Škofja Loka sprejela Odlok o gledaliških uprizoritvah Škofjeloškega pasijona, s katerim je uredila zakonodajo za njegovo zaščito in ohranjanje ter s tem zagotovila uprizarjanje Škofjeloškega pasijona v obliki procesije v postno-velikonočnem času v izvirnem okolju starega srednjeveškega mestnega jedra Škofje Loke.